干细胞测序算法

生物细胞储存的未来发展 2023年07月06日 07:55 111 im

1.引言

干细胞是一种具有自我更新和分化成多种组织细胞能力的细胞。由于其多能性、再生能力，尤其是能够发展成不同种类的成体细胞，因此干细胞在医学领域中备受关注。为了更好地探索干细胞的特性，研究人员开发了一些干细胞测序算法。

2.干细胞测序算法概述

干细胞测序算法是一种分析干细胞基因表达谱的方法。通过将RNA提取出来，制作cDNA文库，然后进行高通量测序，得到大量的序列数据，在此基础上对每个基因在不同的样本中表达量进行比较，进而揭示细胞的分化状态和功能。

3.主要干细胞测序算法

3.1.single-cell RNA sequencing（scRNA-seq） scRNA-seq可以揭示单个细胞基因表达谱的异质性及变化，同时也可确认少数的细胞亚型和新的细胞类型。scRNA-seq开发了许多工具，如PCA、t-SNE、UMAP等，有助于可视化基因表达和细胞状态。 3.2.single-cell ATAC sequencing（scATAC-seq） scATAC-seq是可描述单个细胞开放染色质在基因本体开关上的变动情形的技术。通过测量ATAC序列数据，可以了解同一种细胞中基因之间染色质开放的状态，并对不同类型的细胞进行分类，并寻找调控因子。 3.3.DROP-seq 基于微滴的分单细胞测序技术（Droplet-based Single Cell RNA sequencing）分为3个步骤：1）将RNAs固定到甲醛化的微小比例的乳液中；2）将几百个这样的细胞和少量的反应混合与油滴包裹起来；3）在油水两相管中扩增RNA并构建文库。DROP-seq自发布至今，已经出现很多扩展改进的技术，如SORT-seq、MARS-seq和ICELAND等。